1，溫度影響：

溫度時顯示好氧發酵中微生物活動程度的重要指標，高溫的產生標志發酵過程運轉良好。工廠化發酵要求周期短，一般為10～20d。通常采用翻料和強制通風的方法來改善供氧狀態，促進前期物料快速升溫和維持中期60～65℃的高溫。豬糞的不良物理性狀是影響發酵升溫的主要障礙，必加入高C/D和低有機物予以改善。

2，濕度影響：

  水分是微生物活動不可缺少的重要因素。在好氧發酵工藝中，物料適宜的含水率為60%～70%，影響通氣，形成厭氧發酵，升溫慢，腐解度亦差。鮮糞一般含水量較高，降低含水量的方法是摻合低含水分的有機物料。如糠殼、泥炭、鋸末、秸稈等。這些輔料還促進水分的散失。

3，C/N影響：

 C/N是微生物活動的重要營養條件。通常微生物繁殖要求的適宜C/N為20～30。豬糞C/N平均為14.單純豬糞不利于發酵，需要摻合高C/N比的物料進行調節。上述調節含水率的物料都具有高C/N比，也是良好的C/N摻合料。

4，PH值影響：

酸堿度對微生物生活和氮素的保存有重要影響。畜禽糞工廠化發酵是好氧發酵，有大量氨態氮生成，使PH升高，發酵全過程均處于堿性環境，PH環境的不利影響主要是增加氮素損失。可以加入稻草、鋸末、谷糠等輔料，促進氮的生物固定，并降低主料中氮在發酵過程中的礦化率，減少氨態氮的揮發損失。新鮮豬糞與其應用無害化菌劑發酵后的生物有機肥，經微生物高溫分解和熱交換，水分大量失去，其含量減少30%～40%。有機質含量提升約1倍，氮素養分相對提升1～4倍，磷提升2～8倍，鉀提升約10倍，PH由中性變成微堿性，增加有益生物1.3～1.5億/g.